ComicFlashでは、長編漫画は１話（16〜24ページ程度）ごとの公開を推奨しています。 これは別に面倒な作業ではなく、次のようなディレクトリ構成で設置すると良いです：
任意のディレクトリ/
┣ index.html
┣ comicflash.swf
┣ load_cf.js
┣ subwin.js
┣ act1/ ←content/ディレクトリの名前を変更
┃ ┣ comicflash.html
┃ ┣ pref.xml
┃ ┣ pages/
┃ ┣ pages_large/
┃ ┗ image/
┃
┣ act2/ ←上記ディレクトリと同じ構成で、pages/とpages_large/の内容が違う
┃ ┣ comicflash.html
┃ ┣ pref.xml
┃ ┣ pages/
┃ ┣ pages_large/
┃ ┗ image/
┃
┣ act3/ ←以下、話数分増やしていく
.
.
.
要するにcontentフォルダの名前を変更し（名前自体は適当なものでOKです）、それを話数分増やしていけばOKです。 ただ、ページ数など、pref.xmlの編集し忘れには注意しましょう。
お手元のサンプルフォルダの中の、pagesフォルダの内容を見てください。 ページ画像に混じって「_start.png」「_last.png」というファイルが入っていると思います。
既にお気付きかもしれませんが、_start.pngは1ページ目の前に、_last.pngは最終ページの後に表示される画像です。 つまり、これを入れ替えることによって、1ページ目の前にあらすじやイメージイラストを掲載したり、最終ページの後に次回予告的なものを掲載したりできる訳です。
ただし、いくつか注意点があります：
JavaScriptで閲覧環境をチェックすることで、画面解像度に応じたサイズで掲載することができます。 具体的には、SXGAやWXGA+以上の解像度の場合にはComicFlashWIDEを使い、それより小さい場合はComicFlashを使う、という設置の仕方です。
まず、次のようなディレクトリ構造で設置します：
任意のディレクトリ/
┣ index.html
┣ comicflash.swf
┣ comicflashWIDE.swf ←ComicFlashWIDEの中のcomicflash.swfを名前を変えて設置
┣ load_cf.js
┣ subwin.js
┗ content/
┣ comicflash.html
┣ pref.xml
┣ pref_wide.xml ←pref.xmlをコピーして名前を変更
┣ pages/
┣ pages_large/
┣ pages_wide/ ←ComicFlashWIDE用のページ画像を入れるディレクトリ/
┗ image/
次に、index.htmlとload_cf.js、content/pref_wide.xmlを、それぞれ次のように編集します：
| index.html | サブウィンドウを開くAタグを「<a href="javascript:void(0);" onclick="showFullScreenWindow('./content/comicflash.html');">サンプル</a>」のように変更。 |
|---|---|
| load_cf.js | スクリプト末尾にある「loadSWF();」をコメントアウトし、「loadSWFMultiSized();」のコメントを外す。 |
| pref_wide.xml | pageFolderを「pages_wide」に変更。 |
JavaScriptを扱えるなら、もっと面白いやり方があるかもしれません。 一例ということで。
当たり前ですが、ページ画像にできるものであれば、載せるコンテンツは漫画でなくても構いません。 文章主体のものでも実用に耐えるでしょう。 ただし縦書き限定。
もっとも、文章コンテンツは普通にHTMLで作った方が読みやすいと思います。 本っぽい雰囲気は出るかもしれませんけど。